玄奘顶骨被迎回台湾后，很多地方都争相供奉，最终是蒋介石拍板定在日月潭边建玄光寺寺供奉，1955年，玄光寺建成。该寺前临光华岛，后依青龙山，为一仿唐式建筑。按当地地理风水称该寺占“青龙戏珠”宝地，庙分两层，分别供奉玄奘顶骨舍利子与释迦牟尼佛金身。
玄奘曾奉唐王之命前往印度取经，经十余年返国，得经书六百五十余部，与其弟子共译七十五部，得一千三百三十五卷，对佛教在中国的发展贡献卓著。抗战时期，日军在南京掠走玄奘大师的顶骨舍利一份，供奉在日本琦玉县慈恩寺，1955年，在两岸佛教界的呼吁下，日本将部分玄装灵骨归还台湾，1955年11月25日，台湾僧人将玄奘顶骨舍利从日本迎回台湾。后因游人太多、玄光寺损毁之故，复在玄光寺旁建一玄奘寺。1965年11月，玄奘寺建成，灵骨才正式迎入玄奘寺供奉。寺内“国之瑰宝”匾额乃蒋介石亲题，寺外墙上，刻有玄奘西域游行图与碑文三座，门前尚有两尊石象，殿前有大鼓一座，登梯而上可见有醒钟供人敲槌。
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